Enigma makinesinde yazılan bir metin yer değiştirme şifresi ile şifrelenme prensibine dayanmaktadır. Makineye herhangi bir cümle girildiğinde cümledeki harfler başka harflere atanarak o cümlenin bulunması zor bir hale geliyordu ve her girilen metnin şifresi de farklı olduğundan kırılması zor bir hale geliyordu.
Enigma makinesinin şifresini kırmak ne kadar zor görülse de aslında çalışma prensibi basit bir mekanizmaya bağlıydı. Enigma bazı elektro-mekanik bileşenlerden oluşan bir makinedir. Bu makineyi bu kadar gizemli yapan ise; makinede kullanılan rotorlardı. Rotorlar enigma makinesinin kalbidir dersek abartmış olmayız. Çünkü şifrelemeyi sağlayan mekanizma rotorlardı. Makineye girilen her bir harf rotorlara giderek burada ki rotorların dönmesi sonucunda girilen harfler başka harflere atanarak şifrelemeyi gerçekleştirip çözülmesi zor bir hale getirmektedirler. Her harf girişinden sonra rotorlardan biri veya bir kaçı dönerek yolu değiştirir ve böylece şifreleme tarzı da değişmiş olur. Örneğin ilk olarak “m” harfi girdiğinizde bu harf “e” olarak şifreleniyor ise, ikinci “m” harfi girişinizde “k” olarak şifrelenebilir.
Diskin yüzeyinde elektrik yolu olarak pimler bulunmaktadır. Yan yana dizilen rotorlar pimler üzerinden elektrik akımını iletirler ve harf girişi yapıldıkça dönerek şifreleme yolunu da değiştirmiş olurlar. Ayrıca burada değinilmesi gereken başka bir nokta rotorların çıkarılabilir ve değiştirilebilir şekilde tasarlanmış olmaları enigma makinesinin şifrelerini çözmede bir hayli zorlaştırmıştır.
Enigma makinesinin göründüğü gibi görünmediği kahraman parçaları da bulunmaktadır. Mekanizmayı sadece rotor değil aynı zamanda rotora yardımcı olan yansıtıcı birimi ve fiş panelleri de bulunmaktadır. Kısaca değinmek gerekirse yansıtıcı birim; girilen herhangi bir harfin farklı yollardan geçerek ve rotorlar yardımıyla yeni bir harfin oluşmasıdır. Fiş paneli; En basit şekilde klavyeden girilen metni rotorlar vasıtasıyla şifrelemeye sokmadan önce en ilkel şifreleme yöntemlerinden olan Substitution Cipher’a sokma işlemidir.